CELL|碧云天产品助力肝癌蛋白基因组研究!解析肝癌发生发展机制
肝癌，在全球癌症相关死亡原因中位居第四。慢性乙肝病毒（HBV）是导致我国肝癌发生的最主要原因，约85%的肝癌患者都具有HBV感染。然而，基因组和蛋白转录组的改变会对HBV相关肝癌表型产生怎样的影响仍缺少深入研究。
2019年10月3日，《Cell》杂志在线发表了复旦大学附属中山医院樊嘉院士、中国科学院上海药物研究所周虎研究员及中国科学院生物化学与细胞生物学研究所高大明研究员合作的最新研究成果“Integrated Proteogenomic Characterization of HBV-Related Hepatocellular Carcinoma”。该研究首次揭示了HBV病毒感染的肝癌的多维蛋白质组学特征，为全面了解肝癌的发生发展机制和治疗及预后提供了新方向。
文章对159例感染HBV的中国HCC患者的肿瘤组织和癌旁组织样本进行了外显子组、转录组、全蛋白组、磷酸化蛋白组研究，多维度地揭示从基因突变到转录以及蛋白质翻译的整个过程，揭示了肝癌肿瘤细胞的分子特性，全面解析了肝癌的发生和发展机制，为肝癌的精准分型与个体化治疗、疗效监测和预后判断提供了新的思路和策略。
本研究首先探明了159例肝癌患者的高频突变基因，揭示了我国肝癌突变谱与西方肝癌突变谱的不同之处。提示了基于中国人肝癌数据开展临床转化研究的必要性。另外，这项研究发现 35.2%的样本中出现了马兜铃酸相关的基因突变“指纹”（AA signature）。
同时，利用蛋白质组数据也检测到了由马兜铃酸基因突变“指纹”编码的变异蛋白。AA signature与肿瘤新抗原出现、肿瘤突变负荷、CD8+ T细胞浸润都有密切关联，这为携带有马兜铃酸相关基因突变的HCC患者提供了新的治疗思路。
根据蛋白质组学的研究成果，该研究将HBV相关的HCC分为了三种亚型，分别为代谢驱动型（metabolism subgroup，S-Mb）、微环境失调型（microenvironment dysregulated subgroup，S-Me）和增殖驱动型（proliferation subgroup，S-Pf），三种亚型的临床预后具有显著差异。研究人员还发现了两种与HCC预后密切相关蛋白分子，分别为：PYCR2和ADH1A，通过组织芯片进行分析，说明了两种蛋白分子在评估患者预后过程中的重要意义。
该研究还对肝癌患者中重要的突变基因CTNNB1做了进一步分析，蛋白基因组分析结果显示，CTNNB1突变与代谢改变有关，并发现CTNNB1突变与果糖二磷酸醛缩酶A（ALDOA）第36位丝氨酸（Ser36）的磷酸化相关。利用HepG2-WT和HepG2-S36E细胞进行体内外研究发现，ALDOA36位丝氨酸磷酸化会促进癌细胞糖酵解，并且有利于细胞增殖和体内成瘤。
在体外验证实验中，研究团队选用了碧云天的CCK-8 Solution，对HepG2-WT和HepG2-S36E细胞增殖情况进行了分析。
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本论文链接： https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.08.052 Qiang Gao, Hongwen Zhu, Liangqing Dong,etc.Integrated Proteogenomic Characterization of HBV-Related Hepatocellular Carcinoma[J].cell,2019,179(2):561-577.
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