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细胞相关> 基因表达调控> 病毒感染
产品编号: C2921S
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产品编号 产品名称 产品包装 产品价格
C2921S Universal AAV Titration Kit by qPCR 50次 728.00元
C2921M Universal AAV Titration Kit by qPCR 200次 2328.00元

碧云天生产的Universal AAV Titration Kit by qPCR,也称qPCR法通用型AAV滴度检测试剂盒,是一种基于qPCR (Quantitative PCR)方法用于高效、精确和快速测定不同血清型腺相关病毒(Adeno-associated Virus, AAV)滴度的试剂盒。本产品含有优化比例的高品质UDG酶和dUTP,可有效消除PCR扩增过程中带来的产物污染问题造成的假阳性或CT值偏低。

腺相关病毒(Adeno-associated Virus, AAV)是Dependovirus属Parvovirus家族的微小单链DNA病毒,包含100多种血清型。AAV毒感染细胞后通常不会与基因组DNA重组,但可以长期稳定地表达目的基因,特别是可以在很多不分裂的细胞中长期稳定表达。AAV还具有滴度高,体内注射不产生明显的免疫反应,对于增殖和非增殖细胞感染效率高等优点,因此在生物医学领域有非常广泛的应用[1]。

UDG (Uracil-DNA Glycosylase),也称UNG (Uracil-N-glycosylase),可催化含尿嘧啶的DNA链中的尿嘧啶(dU)碱基和脱氧核糖之间的N-糖苷键发生水解,从而释放游离尿嘧啶,主要应用于消除PCR扩增过程中带来的产物污染问题。其防止污染的原理为:在PCR反应中加入适量的dUTP,以dUTP替代dTTP掺入DNA中,形成含dU碱基的PCR扩增产物;后续进行PCR反应时,使用UDG酶选择性切割可能被污染而带入的之前PCR扩增产生的含有dU的单链或双链DNA,从而避免之前的PCR扩增产物可能的污染对于本次PCR扩增带来的负面影响。

本试剂盒适用范围广。本试剂盒是以目的基因载体质粒中AAV2的ITRs(反向末端重复序列)作为目的基因进行扩增定量,适用于各种血清型(serotype) AAV的滴度测定。AAV的血清型取决于其衣壳蛋白的结构,也就是由包装AAV时使用的Cap基因的类型决定。通过改造AAV2 (将含有目的基因及AAV2 ITRs的载体质粒、含有目的血清型的Cap基因和AAV2 Rep基因的质粒、腺病毒辅助质粒三质粒一起转染293细胞),即可获得不同血清型的重组AVV。因此,只要包装AAV时使用的目的基因载体质粒中的ITRs来源于AAV2,无论是哪一种血清型,都可以使用本试剂盒进行滴度测定。

本试剂盒可以精确定量。本试剂盒提供了DNase I,可以充分去除AAV包装质粒污染,并通过qPCR精确测定AAV的拷贝数,以确保后续AAV的用量准确。同时本试剂盒中含有UDG酶和dUTP,可以有效避免PCR扩增产物污染而导致的定量不准确。

本试剂盒操作快速简便。获得AAV病毒后,按照本试剂盒操作流程,先使用核酸酶去除游离核酸,再使用裂解液使蛋白质变性,即可用于滴度测定。整个操作步骤仅需约2小时即可实现AAV滴度的准确定量。

本试剂盒提供qPCR实验所需的预混液BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix (防污染型)和特异性引物,预混液包含了BeyoFast™ Taq DNA Polymerase、UDG酶、PCR Buffer、dNTPs、dUTP、SYBR Green I荧光染料、稳定剂和镁离子等所有的通用组分,引物以AAV2 ITR基因序列作为靶点所设计,二者结合可用于AAV DNA的超高灵敏度定量检测。此外,本试剂盒提供Positive Control,即阳性对照,用于检测试剂盒本身是否能正常工作以及作为标准品制作标准曲线。

本试剂盒用于标准曲线检测的平均Ct值见下表,扩增曲线参考图1,拟合的标准曲线参考图2。

Target 109 copies 108 copies 107 copies 106 copies 105 copies 104 copies NTC
平均Ct值 11.50 15.03 18.81 23.33 27.65 31.09 36.05

图1.碧云天Universal AAV Titration Kit by qPCR (C2921)用于标准品的扩增曲线图。将本试剂盒中的Positive Control进行梯度稀释,即每个反应中的质粒量分别为108 copies、107 copies、106 copies、105 copies和104 copies,然后用本试剂盒进行qPCR检测。使用Ultrapure Water作为阴性对照;NTC, negative control。实测数据可能会因样品、检测仪器等的不同而存在差异,图中数据仅供参考。

图2.碧云天Universal AAV Titration Kit by qPCR (C2921)检测后拟合的标准曲线图。将本试剂盒中的Positive Control进行梯度稀释,即每个反应中的质粒量分别为109 copies、108 copies、107 copies、106 copies、105 copies和104 copies,然后用本试剂盒进行qPCR检测。使用Ultrapure Water作为阴性对照。实测数据可能会因样品、检测仪器等的不同而存在差异,图中数据仅供参考。

本试剂盒提供Low ROX和High ROX,广泛兼容于无需ROX和需要Low ROX或High ROX作为校正染料的荧光定量PCR仪。ROX的作用是用于校正与PCR无关的荧光波动,从而最大限度减少孔间差异。这种差异可能由多种因素引起,如移液误差及样品蒸发等。不同的荧光定量PCR仪对ROX的要求不同,请根据实际所用仪器在配制反应体系时选择高浓度ROX (High ROX)、低浓度ROX (Low ROX)或不加ROX。常用仪器所需ROX类型请参考如下表格。

添加ROX类型 适用PCR仪
不需添加 Bio-Rad: CFX384, CFX96, MiniOpticon, iCycler IQ, MyiQ and iQ5;
Eppendorf: Mastercycler ep realplex and realplex2 s;
Qiagen/Corbett Rotor-Gene: 6000;
Roche LightCycler 480; Cepheid SmartCycler; Illumina Eco qPCR
Low ROX ABI: 7500(Fast), ViiA 7, QuantStudio 6 and 7 Flex Systems;
Stratagene: Mx3000P, Mx3005P and Mx4000;
Qiagen/Corbett Rotor-Gene: 3000;
Bio-Rad/MJ: Chromo4, Opticon 2 and Opticon
High ROX ABI GeneAmp 5700; ABI PRISM 7000, 7700; ABI 7300, 7900HT(Fast); ABI StepOne (Plus)

本试剂盒如果用于常规的96孔板qPCR检测(建议反应体系为20µl)或384孔板qPCR检测(建议反应体系为10µl),本产品小包装分别可以进行50次和100次检测,中包装分别可进行200次和400次检测。

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
C2921S-1 DNase I (1U/μl) 100μl
C2921S-2 Reaction Buffer (10X) 120μl
C2921S-3 DNA Extraction Solution 2.5ml
C2921S-4 Enzyme Mix 100μl
C2921S-5 Stop Solution 2.5ml
C2921S-6 BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix (2X, with UDG) 500μl
C2921S-7 AAV Primer Mix (10μM) 50μl
C2921S-8 Positive Control 50μl
C2921S-9 Low ROX (50X) 20μl
C2921S-10 High ROX (50X) 20μl
C2921S-11 Ultrapure Water 2ml
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
C2921M-1 DNase I (1U/μl) 400μl
C2921M-2 Reaction Buffer (10X) 480μl
C2921M-3 DNA Extraction Solution 10ml
C2921M-4 Enzyme Mix 400μl
C2921M-5 Stop Solution 10ml
C2921M-6 BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix (2X, with UDG) 2ml
C2921M-7 AAV Primer Mix (10μM) 200μl
C2921M-8 Positive Control 200μl
C2921M-9 Low ROX (50X) 80μl
C2921M-10 High ROX (50X) 80μl
C2921M-11 Ultrapure Water 8ml
说明书 1份
保存条件:

-20ºC保存,一年有效。BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix (2X, with UDG)、Low ROX (50X)、High ROX (50X)须-20ºC避光保存,并尽量避免反复冻融。

注意事项:

推荐按照使用说明进行DNase I的消化,否则会因为AAV包装质粒的干扰,导致检测出来的AAV滴度偏高。

使用前需确保试剂完全融化,上下颠倒轻轻混匀后使用。混匀过程中尽量避免产生气泡。

BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix (2X, with UDG)、Low ROX (50X)、High ROX (50X)中含有荧光染料,保存本产品或设置PCR反应时应避免强光照射,以尽量避免荧光淬灭问题。

经测试,本产品反复冻融10次对使用效果无显著影响,但仍需尽量避免反复冻融。反复冻融可能使产品性能下降。

qPCR检测是超高灵敏度的检测,请尽量在标准的PCR实验室中进行检测。PCR反应设置区域须尽量避免各种可能的扩增产物的污染。虽然本产品为防污染性,但仍建议勿在PCR反应设置区域撕开PCR封板膜或打开PCR管盖,PCR产物宜密封后按扩增后产物要求处理,以避免超高浓度的PCR产物污染实验环境。

建议使用带滤芯的吸头配制PCR体系,这样可以最大限度的避免污染导致的滴度虚高问题。推荐BeyoGold™无菌滤芯盒装吸头(FTIP631/FTIP635/FTIP638)。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
1.需要用户自备的仪器和耗材。
a.荧光定量PCR仪。
b.DNase-free、RNase-free的吸头、离心管、荧光定量PCR用96孔板或384孔板、PCR板封板膜。
2.AAV样品的准备。
a.对于浓缩或纯化的病毒,建议进行适当稀释后再进行滴度检测。仅需要浓缩AAV推荐使用通用型病毒浓缩试剂盒(C2901),需要纯化和浓缩AAV推荐使用AAV Purification Kit Mini for All Serotypes (C2906)。
b.对于未经浓缩或纯化的AAV病毒,将包装AAV的细胞和上清收集到离心管中,将细胞悬液在液氮和37ºC水浴间反复冻融4次,每次解冻后高速Vortex 1分钟。最后一次溶解并Vortex后,14,000×g室温离心10分钟后取上清,即为AAV粗病毒。
3.AAV基因组DNA的提取。
a.干扰DNA的去除。AAV样品需要去除其中的游离DNA分子,以避免AAV病毒包装时的包装质粒对于AAV定量的干扰。
Reagent Volume
AAV 2µl
Reaction Buffer (10X) 2µl
Ultrapure Water 14µl
DNase I, RNase-free (1U/μl) 2µl
Total Volume 20µl
(a)按照上表加入各种试剂,混匀。如果所用的PCR仪没有热盖,滴加矿物油(Mineral oil)以防止蒸发。
(b)37ºC孵育15-60分钟,以充分消化游离DNA分子。
注1:所检测的AAV样品如果为纯化获得的AAV,建议孵育时间为15分钟,如果为冻融法获得,建议孵育时间为60分钟。
注2:如果病毒浓度较高,建议将病毒适当稀释后再进行孵育。
(c)95ºC加热10分钟,使DNase I失活。
b.AAV病毒颗粒的裂解。
(a)消化液(Digestion Solution)的配制。按照样本数量配制消化液,具体配制方法如下。
Reagent 1 Sample 10 Samples
DNA Extraction Solution 45.5µl 455μl
Enzyme Mix 2µl 20μl
Digestion Solution 47.5µl 475µl
注:消化液需现配现用,并需要充分混匀后使用。
(b)吸取步骤3a经DNase I消化处理并加热失活的样品5μl,加入上47.5μl消化液中,移液器吹打混匀。
(c)55ºC水浴或PCR仪,孵育15分钟。
(d)95ºC水浴或PCR仪,孵育5分钟。
(e)加入47.5μl的Stop Solution,涡旋混匀,即为AAV基因组DNA裂解液。
(f)将上述提取AAV样品置于-20ºC保存,或立即进行qPCR检测。
c.AAV样品稀释。
为确保AAV滴度测定的准确性,建议将AAV基因组DNA裂解液稀释5倍以上,然后再进行qPCR检测。
4.qPCR反应体系的设置。
a.融解并混匀反应所需的各种溶液,置于冰上。
b.制备标准曲线中所需的标准品。
使用本试剂盒中提供的Ultrapure Water将Positive Control (2×109 copies/μl)进行梯度稀释,按照下表依次配制2×108 copies/μl、2×107 copies/μl、2×106 copies/μl、2×105 copies/μl、2×104 copies/μl、2×103 copies/μl的Positive Control。
Tube Number Dilution Methods Concentration
ST0 5μl Positive Control (2×109 copies/μl)+45μl Ultrapure Water 2×108 copies/μl
ST1 5μl ST0+45μl Ultrapure Water 2×107 copies/μl
ST2 5μl ST1+45μl Ultrapure Water 2×106 copies/μl
ST3 5μl ST2+45μl Ultrapure Water 2×105 copies/μl
ST4 5μl ST3+45μl Ultrapure Water 2×104 copies/μl
ST5 5μl ST4+45μl Ultrapure Water 2×103 copies/μl
c.参考下表在室温或冰上设置qPCR反应体系(以96孔板, 每孔反应体系为20µl为例)。下表中的Template为样品、阴性对照(Negative Control)或阳性对照(Positive Control)。Negative Control可使用Ultrapure Water。为了保证滴度检测的准确性,建议每次检测都设置Negative Control和Positive Control。
Reagent Volume
BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix (2X, with UDG) 10μl
AAV Primer Mix (10μM) 1μl
Template 5μl
Without or with Low/High ROX (50X) 0 or 0.4μl
Ultrapure Water To 20μl
d.用移液器轻轻吹打混匀或轻微Vortex混匀,室温离心数秒,使液体积聚于管底。
e.将设置好的PCR反应管或PCR反应板置于荧光定量PCR仪上,开始PCR反应。
5.qPCR反应程序设置。
本试剂盒建议采用如下的qPCR程序,本程序是以QuantStudio™ 6 Flex Systems荧光定量PCR仪为例:
a.UDG酶处理:50ºC 5min
b.预变性:95ºC 2min
c.变性:95ºC 15sec
d.退火/延伸:60ºC 30sec
e.重复步骤c和步骤d,总共40个循环
f.熔解曲线分析(可选):95ºC 15sec, 60ºC 15sec, 95ºC 15sec
g.最后使用荧光定量PCR仪提供的软件分析检测结果
6.结果的定量分析。
a.标准曲线:以每一个梯度标准品的拷贝数以log10取对数后的数值和Ct值生成标准曲线。
b.阴性对照:无典型S型扩增曲线或Ct值>34。
c.稀释后的样品:根据样品的Ct值,代入步骤6a中拟合生成的标准曲线公式计算得到稀释后样品的拷贝数。
d.原始样品:将步骤6c中得到的拷贝数乘以稀释倍数,即得到原始样品的拷贝数(Copies/ml或vg/ml)。
稀释倍数=200倍×步骤3c中AAV样品稀释倍数×1000μl/ml/步骤4c中PCR体系加入的模板体积(μl)。
参考文献:
1.Samelson-Jones BJ, George LA. Annu Rev Med. 2023. 74:231-247.
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FTUB325 BeyoGold™ qPCR八联排管(0.2ml, 平盖, 透明) 125排/1250排
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