染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。基于此,我们推出ChIP-Seq的完整解决方案,协助您一起探索生物奥秘。
服务编号 | 服务名称 | 服务时间 | 全额预付特价(元) | 半额预付特价(元) | 零首付价(元) | 服务内容 | 交付结果 |
T0715 | 染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq) | 15-20个工作日 | 1955 | 2070 | 2300 | ChIP-Seq测序,PE150,5-6Gb数据(约30-40M Reads),不含样品制备 | 原始数据(序列文件*.fastq) |
T0716 | ChIP-Seq基础分析 | 5-10个工作日 | 680 | 720 | 800 | 提供ChIP-Seq的基础分析,和T0715联合提供,不单独提供服务 | 分析报告 |
T0730 | 高级分析与个性化分析 | 据项目要求定 | 询价 | 询价 | 询价 | 据项目要求定,请提前和碧云天项目负责人沟通 | 分析报告 |
备注:质检首次免费,如果样品首次质检不通过,后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。
碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表:服务编号 | 服务名称 | 全额预付特价(元) | 半额预付特价(元) | 零首付价(元) | 备注 |
T0731 | RNA抽提、质检 | 250元/样品 | 290元/样品 | 320元/样品 | 适用于冻存的细胞、组织样品等 |
T0732 | 特殊RNA抽提、质检 | 300元/样品 | 350元/样品 | 380元/样品 | 适用于全血、FFPE切片 |
T0736 | DNA/RNA质检 | 100元/样品 | 130元/样品 | 150元/样品 | 首次免费,首次质检如果不合格后续检测收费 |
T0738 | 文库质检(Qubit法) | 200元/样品 | 250元/样品 | 280元/样品 | Qubit文库质检,适用于绝大多数文库 |
T0739 | 文库质检(qPCR法) | 1100元起 | 1200元起 | 1300元起 | qPCR质检比Qubit精度更高,25个文库为一批,首个文库按表中价格收费,后面的24个文库每个只收110元 |
注:以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务,不单独提供相应服务。
碧云天高通量测序技术服务询价与订购:染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP):通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
技术流程
测序平台与方式:HiSeq, PE150
测序数据量:建议5-6 Gb/样本(约30-40M Reads)
测序及基础分析周期:20个工作日
主要的转录因子和中间调节物在主要细胞识别基因上建立起超级增强子
Warren A.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.
控制大多数哺乳动物发育的转录因子可以控制细胞类型特异性模式的基因表达,通过高通量测序技术,在哺乳动物中鉴定出400,000至1.4 million个增强子,如:有特定的组蛋白修饰的增强子。建立和维持胚胎干细胞(ESCs)动态的基因表达依赖于少数几个主要转录因子,包括Oct4,Sox2,OSN(Nanog)等,与中间物复合体一起可以结合增强子,易于捕获RNA聚合酶II来作用靶基因的启动子区域。关于降低中间物水平可以模拟影响ESCs的Oct4水平的机制目前还不清楚。利用ChIP-seq技术,发现超级增强子具有影响大多数哺乳动物细胞类型中有识别作用基因表达的功能。
胚胎干细胞中的增强子和超级增强子