简化重亚硫酸盐甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,通过酶切富集启动子及CpG岛区域,并进行Bisulfite测序,同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的热点,与基因表达、表型性状息息相关。RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法,在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。利用RRBS可以实现多个样本的比对基因组分析。
碧云天高通量测序与数据分析技术服务项目表:服务编号 | 服务名称 | 服务时间 | 全额预付特价(元) | 半额预付特价(元) | 零首付价(元) | 服务内容 | 交付结果 |
T0713 | 简化重亚硫酸盐甲基化测序(RRBS) | 15-20个工作日 | 2975 | 3150 | 3500 | RRBS测序,PE150,5-6Gb数据(约30-40M Reads),不含样品制备 | 原始数据(序列文件*.fastq) |
T0714 | RRBS基础分析 | 5-10个工作日 | 680 | 720 | 800 | 提供RRBS的基础分析,和T0713联合提供,不单独提供服务 | 分析报告 |
T0730 | 高级分析与个性化分析 | 据项目要求定 | 询价 | 询价 | 询价 | 据项目要求定,请提前和碧云天项目负责人沟通 | 分析报告 |
备注:质检首次免费,如果样品首次质检不通过,后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。
碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表:服务编号 | 服务名称 | 全额预付特价(元) | 半额预付特价(元) | 零首付价(元) | 备注 |
T0731 | RNA抽提、质检 | 250元/样品 | 290元/样品 | 320元/样品 | 适用于冻存的细胞、组织样品等 |
T0732 | 特殊RNA抽提、质检 | 300元/样品 | 350元/样品 | 380元/样品 | 适用于全血、FFPE切片 |
T0736 | DNA/RNA质检 | 100元/样品 | 130元/样品 | 150元/样品 | 首次免费,首次质检如果不合格后续检测收费 |
T0738 | 文库质检(Qubit法) | 200元/样品 | 250元/样品 | 280元/样品 | Qubit文库质检,适用于绝大多数文库 |
T0739 | 文库质检(qPCR法) | 1100元起 | 1200元起 | 1300元起 | qPCR质检比Qubit精度更高,25个文库为一批,首个文库按表中价格收费,后面的24个文库每个只收110元 |
注:以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务,不单独提供相应服务。
碧云天高通量测序技术服务询价与订购:简化重亚硫酸盐甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS): 通过酶切富集启动子及CpG岛区域,并进行Bisulfite测序,从而研究甲基化与基因表达的相关性及在生命活动中的作用。
技术流程
测序平台与方式:HiSeq, PE150
测序数据量:建议5-6 Gb/样本(约30-40M Reads)
测序及基础分析周期:20个工作日
非CpG岛甲基化在人不同类型细胞中的分布和差异
Ziller MJ, Müller F, Liao J, et al. Genomic distribution and inter-sample variation of non-CpG methylation across Human Cell Types. PLoS Genet., 2011,7: e1002389.
DNA甲基化发育和疾病中起着重要的作用。脊椎动物的DNA甲基化主要位点是在CpG二核苷酸的胞嘧啶背景下,此类型大约占人类细胞和小鼠细胞的总甲基化含量四分之三。尽管我们对CpG甲基化的基因组分布、个体间的稳定性、功能作用有深入的研究,但是对CPA,CPT和CPC(非CpG岛)二核苷酸的DNA甲基化方面知之甚少。
利用RRBS测序对人类多功能细胞和分化细胞的非CpG甲基化与76个基因组库的DNA甲基化图谱进行深入分析,确认非CpG甲基化主要存在多能干细胞类型,与DNMT3表达水平存在很强的相关性,并可能与CpG甲基化存在空间上的相关性。