小RNA(Small RNA)是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等。Small RNA有多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，来调控生物体的生长发育和疾病发生。 MicroRNA (miRNA)是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个miRNA可以有多个靶基因，几个miRNA也可以靶向同一个基因。这种复杂的调节网络通过一个miRNA来调控多个基因的表达，也可以通过几个miRNA来精细调控某个基因的表达。

备注：质检首次免费，如果样品首次质检不通过，后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。

碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表：

注：以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务，不单独提供相应服务。

碧云天高通量测序技术服务询价与订购：

1. 请您下载并填写《 碧云天高通量测序服务询价表》，发送至service@beyotime.com，我们将为您设计最佳方案。
2. 若有订购意向，碧云天的高通量测序技术服务人员会与您联系，并签订《碧云天高通量测序技术服务协议书》。
3. 送样时，请下载并填写《碧云天高通量测序生物样品信息表》，发送至service@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱。样品的具体要求参见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天高通量测序技术服务优势：

1. 技术经验丰富：碧云天拥有强大的技术团队，具有多年的核酸纯化试剂盒开发经验，在核酸样品处理方面有丰富的操作经验。
2. 分析能力强：碧云天有专业的生物信息分析团队，为您提供完善的分析服务。
3. 服务全面快速：碧云天有多年的试剂研发经验，有完备的分子生物学产品线和完善的生物技术服务体系，可为您后继实验提供跟踪服务。另外，我们承诺以最快的速度去解决您遇到的问题。
4. 实验平台灵活：碧云天现在主要利用主流的Illumina平台为主，可以根据实验目的和要求灵活运用不同的实验平台的优势。
5. 性价比高：碧云天以最优惠的价格为您提供最全面的服务，帮助您有效节约实验成本。

碧云天高通量测序技术服务客户须知：

1. 样品寄出前，请给service@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱发送一份填写完整的电子版《碧云天高通量测序生物样品信息表》；如有特殊情况，请在快递发出前与碧云天高通量测序技术服务人员电话联系，比如客户自送样品、提前寄送样品、有其它物品随样品一起快递需要额外点收等，以便安排人手，防止丢失。
2. 请将填写完整的纸质版《碧云天高通量测序生物样品信息表》以及其它技术资料(如有)密封于塑料袋内，随样品一起寄出；协议书和硬盘(数据量较大，需硬盘存储)请另单快递给对应接收人员，不要与样品一起快递，既避免物流分拣环节导致合同和硬盘遗失，也避免干冰或蓝冰冷凝水可能损坏文件和硬盘。
3. 如果需要进行生物信息学分析，请在《碧云天高通量测序生物样品信息表》的“项目描述”栏目里注明。
4. 样品置于1.5ml或其它型号的低吸附离心管里；管上清楚标明样品名称，样品管上的名称要与《碧云天高通量测序生物样品信息表》一致，请双人核实无误；用parafilm膜把样品管缠紧密封好；将样品管置于保护用的50ml离心管或其它容器里，用适量纸、纱布或棉花塞紧，防止样品管晃荡，旋紧盖子。
5. 根据样品类型选择室温、蓝冰或者干冰包装，选择最快的运输方式以免样品降解；合理安排发货时间，避免周六、周日或法定节假日到达，以免样品丢失。低温运输采用安全的干冰，不要用危险的液氮；液氮如果渗进样品管，在温度发生变化时因体积膨胀有可能导致爆炸，毁坏样品。
6. 项目结束后，剩余样品免费保存6个月；如果需要延长保存期或者返还，请提前与碧云天高通量测序技术服务人员联系。
7. 其它详细的样品要求请见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天小RNA测序技术服务项目明细：

小RNA测序(Small RNA Sequencing)：对20-30bp长度的小RNA，如miRNA、siRNA、piRNA等，进行测序分析，可以研究其在生命调控过程的作用。

技术流程
技术参数

测序平台与方式：HiSeq, SE50
测序数据量：10-20M Reads/样品
测序及基础分析周期：20个工作日
注：Reads是测序的序列条数

样品要求

1. 样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2. 样品量：细胞样品请提供至少1×10⁷个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供2μg以上的总RNA。
3. 样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD_260/280值在1.8~2.2之间，浓度大于500ng/μl，28S:18S≥1.5，RIN≥7。
4. 样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5. 样品运输：样品置于1.5ml管中，封口膜封好，干冰运输。

数据分析流程 数据分析内容

1. Reads QC/QA
2. 公共序列和特异序列的分析
3. 小RNA在选定的参考基因组上的分布
4. 已知miRNA筛选
5. 新miRNA预测
6. 分类注释
7. 靶基因预测
8. 靶向转录本分析

应用案例

microRNA调节Palladin的表达从而控制乳腺癌转移
Gilam, A., et al., Local microRNA delivery targets Palladin and prevents metastatic breast cancer. Nature Communications, 2016. 7: p. 12868.

癌细胞转移是女性乳腺癌死亡率的主要原因。由microRNA调控的基因表达对于防止癌细胞的扩散很重要。为了确定在乳腺癌发展中起重要地位，以及可能被用来抑制肿瘤转移的特异性microRNA，研究小组首先进行了大量生物信息学分析。他们比较了三个数据集：一是已知的SNPs；二是通过microRNA与基因组结合的位点；三是已知与细胞运动有关的乳腺癌相关基因。分析显示单核苷酸多态性rs1071738影响癌症转移。这个SNP破坏两个microRNA——miR-96和miR-182的结合。这种破坏防止两个microRNA调控蛋白Palladin的表达。先前的研究已经表明，Palladin在乳腺癌细胞中的迁移以及后续入侵其它健康器官是在乳腺癌形成过程中起着关键的作用。体外实验中发现用miR-96和miR-182能降低Palladin的表达水平，从而降低乳腺癌细胞的迁移和侵袭其它组织的能力。研究人员之后开发了一个递送microRNAs到乳腺癌肿瘤的方法。他们将含有microRNAs的纳米颗粒嵌入水凝胶支架，然后植入小鼠，结果该方法可使microRNAs高效、精确的传递到目标乳腺癌肿瘤部位。为了进一步提高治疗的有效性，研究者们将化疗药物顺铂增加到纳米颗粒上，导致原发肿瘤的生长和转移显著减少。这项研究为实验治疗与传统化疗结合抑制癌症转移提供了新思路。

多组学数据整合揭示体内治疗新方法