转录组测序RNA-Seq是基于二代测序技术的转录组学研究方法:首先提取生物样品的全部转录的RNA并进行mRNA富集,然后反转录为 cDNA后进行的高通量测序,在此基础上进行片段的拼接组装,从而可得到一个个的转录本,进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解。不同阶段或部位的生物样品的RNA-Seq转录组进行比较分析,则可以在转录层面得到基因表达水平的变化,针对关键基因则可以进行代谢通路(Pathway)的构建。
碧云天高通量测序与数据分析技术服务项目表:服务编号 | 服务名称 | 服务时间 | 全额预付特价(元) | 半额预付特价(元) | 零首付价(元) | 服务内容 | 交付结果 |
T0707 | 转录组测序(RNA-seq) | 15-20个工作日 | 700 | 800 | 900 | mRNA转录组测序,PE150,6Gb数据(约40M Reads),不含样品制备 | 原始数据(序列文件*.fastq) |
T0708 | RNA-Seq基础分析 | 5-10个工作日 | 200 | 250 | 300 | 提供RNA-Seq的基础分析,和T0707联合提供,不单独提供服务 | 分析报告 |
T0730 | 高级分析与个性化分析 | 据项目要求定 | 询价 | 询价 | 询价 | 据项目要求定,请提前和碧云天项目负责人沟通 | 分析报告 |
备注:质检首次免费,如果样品首次质检不通过,后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。
碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表:服务编号 | 服务名称 | 全额预付特价(元) | 半额预付特价(元) | 零首付价(元) | 备注 |
T0731 | RNA抽提、质检 | 250元/样品 | 290元/样品 | 320元/样品 | 适用于冻存的细胞、组织样品等 |
T0732 | 特殊RNA抽提、质检 | 300元/样品 | 350元/样品 | 380元/样品 | 适用于全血、FFPE切片 |
T0736 | DNA/RNA质检 | 100元/样品 | 130元/样品 | 150元/样品 | 首次免费,首次质检如果不合格后续检测收费 |
T0738 | 文库质检(Qubit法) | 200元/样品 | 250元/样品 | 280元/样品 | Qubit文库质检,适用于绝大多数文库 |
T0739 | 文库质检(qPCR法) | 1100元起 | 1200元起 | 1300元起 | qPCR质检比Qubit精度更高,25个文库为一批,首个文库按表中价格收费,后面的24个文库每个只收110元 |
注:以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务,不单独提供相应服务。
碧云天高通量测序技术服务询价与订购:转录组测序(RNA-Seq):对表达的mRNA进行测序,可获取机体在一定条件下的基因表达情况以及基因在表达层面变异情况,从而研究相关基因的作用机制。
技术流程 技术参数测序平台与方式:HiSeq, PE150
测序数据量:建议不低于6 Gb/样品(约40M Reads)
测序及基础分析周期:20个工作日
低龄急性成淋巴细胞性白血病病例中发现新的DUX4融合基因
Yasuda, T., et al., Recurrent DUX4 fusions in B cell acute lymphoblastic leukemia of adolescents and young adults. Nature genetics, 2016.
研究人员利用HiSeq对73名患有B细胞急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、T细胞ALL以及来源不明ALL年轻人的AYA-ALL(15~39岁)样品(所有患者属于白血病亚型,该亚型病例的特征是缺失BCR-ABL1融合或者费城染色体)进行了RNA测序分析,发现了十几个新的候选融合基因。将RNA测序和RT-PCR相结合,该团队研究了额外61例BCR-ABL1融合阴性的B细胞ALL患者样品三种最常见新融合的发生率,包括DUX4,ZNF384或MEF2D。最常见的融合是DUX4基因的重复序列插入免疫球蛋白IGH位点,该融合在10个样品中存在。虽然DUX4融合仅在青年人患者中出现,但ZNF384融合在该年龄段内更常见,而MEF2D融合在儿童患者人群和15~39岁B细胞ALL患者人群中都有检测到。后续的细胞系和小鼠模型实验结果表明,DUX4-IGH融合可能会促进B细胞谱系向B细胞白血病的发展。