DIA/SWATH定量蛋白质组学

DIA(data-independent acquisition)/SWATH(Sequential Window Acquisition of all Theoretical Mass Spectra)是一项区别于DDA采集的全新的、全息式的质谱技术,将扫描范围划分为以25 Dalt为间隔的一系列区间,通过超高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息,是 MS/MS ALL技术的扩展。DIA/SWATH技术是一种真正全景式、高通量的质谱技术,同时也大大提高了定量的可重现性。

碧云天DIA/SWATH定量技术原理

DIA/SWATH采用数据非依赖性的扫描采集模式,将扫描区间内所有的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂,使用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量,从而获得完整的肽段信息。

DIA/SWATH技术示意图


碧云天DIA/SWATH技术服务项目表
服务编号 服务名称 服务时间(工作日) 全额预付特价(元)/样本 半额预付特价(元)/样本 零首付价(元)
/样本
交付结果
T2307 DIA/SWATH 45-50 12500 14000 14800
  1. 蛋白质检报告;
  2. 实验报告;
  3. 生物信息学分析结果;
  4. 质谱检测原始数据
T2309 组织提取定量 ≤10 390 420 460
T2310 血液样本前处理 1300 1400 1550
碧云天DIA/SWATH技术服务询价与订购
  1. 请您下载并填写《碧云天蛋白质组学服务询价单》,发送至service@beyotime.com,我们将为您设计最佳方案。
  2. 若有订购意向,碧云天的技术服务人员会与您联系,并签订《碧云天蛋白质组学技术服务协议书》。
  3. 送样时,请下载并填写《碧云天蛋白质组学生物样品信息表》,发送至service@beyotime.com或碧云天蛋白质组学技术服务人员邮箱。样品的具体要求参见《碧云天蛋白质组学生物送样要求》。

碧云天DIA/SWATH技术特点
  1. 更高的覆盖率和精确度,兼具shot-gun法的高通量以及SRM法的可重复性。
  2. 无需同位素标记。
  3. 质谱操作简便无需分组份,样本处理少,软件及数据库运行效率高。
  4. 适用于研究亚细胞结构、细菌、真菌、细胞分泌物样本。
碧云天DIA/SWATH技术服务客户须知
  1. 建议送原始样本,除非客户已经熟练掌握蛋白质组学的蛋白提取方法。
  2. 动物组织样品:湿重不少于200 mg,样品不能溶血,PBS灌注冲洗组织直至去除血液。软骨或骨头等样本,建议不低于400 mg。
  3. 植物组织样品:湿重不少于2 g,取材后用PBS冲洗至少3遍直至去除杂质。
  4. 菌体样品:原则上只接受常见无毒菌的菌体样品,菌体沉淀不少于100 mg或者体积不少于100 μL;若为含有毒菌的菌体样品或菌体裂解液,按照《病原微生物技术服务操作指南》执行。
  5. 细胞样品:收集细胞沉淀,PBS冲洗3遍(以防残留血清中的白蛋白影响鉴定结果),送样量为1×107或细胞沉淀不少于50 μl。
  6. 培养基上清液:需保证无菌体或细胞(用0.2 μm膜过滤),条件允许可浓缩后再寄送;送样体积不少于10 ml。
  7. 血清样品:新鲜血液取出后,4℃,2000 g,离心15 min,取上清,即得血清;血清制备过程中保证不能溶血;血清体积要求不少于500 μl;制备血清过程中,客户可根据自己样品和实验要求选择是否添加抗凝剂,一般不用添加。
  8. 若客户直接提供蛋白样品,则蛋白量不少于1 mg,浓度不低于2 mg/mL。
  9. 样品的具体要求及寄送条件详见《碧云天蛋白质组学生物送样要求》及《碧云天蛋白质组学生物样品信息表》。
碧云天DIA/SWATH技术服务流程

碧云天DIA/SWATH技术服务承诺
碧云天承诺提供:
完整的蛋白质组学实验报告(包括具体实验流程);
生物信息学分析结果;
蛋白质谱检测原始数据;
蛋白质检报告。

碧云天DIA/SWATH技术服务应用方向

适用于大规模蛋白定量分析,通量高;对检测灵敏度、精确度和覆盖率要求高的客户;无物种限制,可以应用到如农业植保、畜牧兽医、动医动科、水产、生物医学等多领域。

应用案例

Ying S Ting, et al., PECAN: library-free peptide detection for data-independent acquisition tandem mass spectrometry data, Nat. Methods, 2017.
应用技术:DIA(data-independent acquisition)
IF:11.58